6號線起于潘墩站，該站位于潘墩路、林浦路交叉口，設站前單渡線、站后折返線。
線路出站后向東，沿林浦路行至原福泉高速公路收費口，于福泉連接線北半幅設林浦站，與軌道交通4號線同臺換乘。結合北側地塊建設綜合交通樞紐。
線路沿福泉連接線東行至現狀蘆岐村附近設蘆岐站，站后設出入線接軌樟嵐停車場。然后線路繼續沿福泉連接線東行，至現狀梁厝村南側設梁厝站，與1 號線同臺換乘。1、6 號線四線并行至下洋村設下洋站，與1 號線平行站廳換乘，車站北端設兩股道停車線，并與1 號線設聯絡線。
線路出站后下穿東部新城規劃軸線河道，過三江路后設峒口，之后上坡接道慶洲大橋。跨烏龍江段本線與道慶洲大橋共建（本項目不含道慶洲大橋土建部分）。共建段長約4.7km，橋梁采用分層布置，上層為道路路面，下層為軌交通道。過烏龍江后繼續結合大橋沿203省道敷設，隨后跨沈海高速、三汊港，于省道S203、瀛洲路口東側設營前站，站臺東側設單股道停車線，與規劃軌道交通9號線“L”型通道換乘。
線路繼續沿省道S203路中敷設，經長安路、長限村后于長樂環島設航城站。
之后繼續沿鄭和路東行，至奎橋路口設十洋站。
線路向東南轉向，至東鶴路、鰲山路口設鰲頭站。
出站后線路進入濱海新城，下穿嚴義山后至鶴梅線設鶴上站，站臺東側設停車線。
線路過省道S203進入濱海新城，設沙京站、蓮花站、濱海新區站、壺井站、萬壽站，其中蓮花站西端設出入線接軌橫港車輛段，中間風井出一根八字線接軌橫港車輛段；萬壽站與規劃軌道交通7號線節點換乘，站臺東側設兩股道折返線，線路轉向東北進入漳江大道走行，漳江大道上設尚遷站。
繼續沿漳江大道北行，于機場高速南側新塘埔附近設漳港站。
線路穿越機場高速路基段，轉至省道S201向東走行，再次向北轉向，沿機場高速北側轉入機場進場路，沿進場路西側綠化隔離帶走行，區間避讓規劃進場路下立交，至T1 樓現狀停車場下設機場站，為全線終點站，站前設單渡線，站后設四股道折返線兼停車線，與遠期機場城際線換乘。
2018年7月19日，據市發改委本次發布的消息，6號線東調段主要位于濱海CBD地區，西起在建萬壽站，沿途設花亭站、濱海CBD站、沙尾站、金濱路站、國際學校站。線路出站后沿規劃道慶路道路直行，至規劃道路交叉口設濱海北站，為地下二層車站，與規劃12號線通道換乘。線路出站后南拐至東西向規劃道路，并始終沿該規劃路直至終點。
東調段工程線路全長約5.29km，采用地下線敷設方式，設車站6座（含換乘站3座），平均站間距0.93km。最大站間距為1.51km（金濱路至國際學校站），最小站間距為0.60km（濱海CBD站至沙尾站）。
